Honoré Marie Louis van Waeyenbergh urodził się 25 listopada 1891 r. w Brukseli. Kształcił się na Katolickim Uniwersytecie w Louvain, gdzie w latach 1909 – 1912 odbył studia filozoficzne i humanistyczne. W 1912 r. wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Malines. Po dwóch latach przerwał naukę z powodu wybuchu I wojny światowej. 5 sierpnia 1914 r. na ochotnika zaciągnął się do armii belgijskiej. Niespełna 3 miesiące później (25 października 1914 r.) został ciężko ranny w walkach pod Ramscapelle. Po zakończeniu wojny powrócił do seminarium i 28 grudnia 1919 r. przyjął święcenia kapłańskie. Od 1920 r. wykładał retorykę w Collée St. Gommaire w Lierre, a latach 1924 – 1927 był jego dyrektorem. Następnie do 1936 r. kierował Collége St. Jean Berchamps w Antwerpii (Anvers). Kolejnym etap w jego karierze akademickiej stanowiło objęcie funkcji vicerektora Katolickiego Uniwersytetu w Lovain. 19 marca 1940 r. został jego rektorem. W tym samym czasie otrzymał szereg godności kościelnych. Od 1929 r. był kanonikiem honorowym kapituły w Malines, a w 1937 r. papież Pius XI obdarzył go tytułem prałata domowego Jego Świątobliwości.
Rektorat ks. prof. van Waeyenbergha w Louvain przypadł m.in. na okres niemieckiej okupacji Belgii. Stojąc na czele uniwersytetu wykazał się niezłomną postawą. Nie tylko odmówił powierzenia wykładów niemieckim profesorom, ale także odmówił wydania gestapo list z domowymi adresami studentów wyznaczonych do wyjazdu na roboty do Rzeszy. Za swój opór zapłacił blisko półtorarocznym więzieniem, z którego uwolniły go dopiero wojska alianckie.
9 lipca 1945 r. ks. van Waeyenbergh został mianowany protonotariuszem apostolskim, a 1 września 1954 r. biskupem sufraganem diecezji Malines. Sakrę przyjął 28 października 1954 r. Nieco wcześniej (w 1949 r.) został przewodniczącym Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (Féderation Internationale des Universités Catholiques). Funkcję tą sprawował do 1960 r., kiedy to pozostał przewodniczącym honorowym Federacji. Dwa lata później zakończył pracę jako rektor Katolickiego Uniwersytetu w Louvain.
Za swoje zasługi w służbie Kościołowi i nauce ks. bp. prof. van Wayenebergh otrzymał szereg odznaczeń belgijskich (m.in. kilkakrotnie udekorowany orderem Leopolda II), a także ordery francuskie (Oficer Legii Honorowej), holenderskie (komandor Orderu Orange Nassau), luksemburskie (Order Adolfa de Nassau), włoskie (Order Zasługi), niemieckie (Wielki Krzyż Zasługi), hiszpańskie (Wielki Krzyż Orderu Alfonsa X) oraz watykańskie (I klasa Krzyża Bene Merenti). Oprócz KUL doktoraty honorowe przyznały mu uniwersytety w: Waszyngtonie, Quebecu, Durham, Edynburgu, Dublinie, Münster, Nowym Jorku, Buenos Aires, Santiago oraz Strasburgu
Ks. bp. prof. Honoré van Waeyenbergh zmarł 19 lipca 1971 r. w belgijskim Korbeek – Loo.