Studia na kierunku Muzykologia są studiami dwuobszarowymi łączącymi zdobywanie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych w zakresie nauk humanistycznych (nauki o sztuce) i sztuki muzycznej (kompozycja i teoria muzyki, instrumentalistyka, dyrygentura, wokalistyka). Kształcenie, zgodnie z Deklaracją Bolońską (1999), jest realizowane na trzech poziomach: studia licencjackie (I stopnia, 3 lata, 6 semestrów, 180 punktów ECTS), studia magisterskie (II stopnia, 2 lata, 4 semestry, 120 punktów ECTS) i studia doktoranckie (w ramach tzw. Szkoły doktorskiej, 4 lata, 8 semestrów). Podstawę stanowią standardy kształcenia będące wynikiem wieloletniej tradycji muzykologicznej i muzycznej Instytutu Muzykologii KUL. Na kierunku funkcjonują 4 katedry: Katedra Etnomuzykologii i Hymnologii, Katedra Instrumentologii, Katedra Polifonii Religijnej i Katedra Dydaktyki Muzycznej. Program kształcenia zakłada integralność kształcenia muzycznego, czyli łączenie wiedzy teoretycznej z praktyką muzyczną. Dwutorowość ta sprawia, że KULowska Muzykologia  jest jedynym ośrodkiem uniwersyteckim w Polsce, w którym zdobywaniu wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych z zakresu muzykologii towarzyszy praktyka muzyczna (obszar sztuki muzycznej). W programie studiów jest realizowany Europejski System Transferu Punktów (ECTS).

Studia I i II stopnia mogą się być realizowane w ramach indywidualnego toku studiów (ITS), polegającego na rozszerzeniu zakresu wiedzy w ramach studiowanego kierunku przez wykorzystanie oferty dydaktycznej całego Uniwersytetu lub na udziale studentów w pracach badawczych. Studenci wychowujący dzieci, niepełnosprawni, uczestniczący w pracach badawczych, pracujący bądź studiujący na więcej niż jednym kierunku studiów mogą ubiegać się o indywidualną organizację studiów (IOS). Zasady przyznawania i przebieg ITS oraz IOS reguluje Regulaminu Studiów KUL. Studenci niepełnosprawni mogą korzystać z pomocy Centrum Aktywizacji Osób Niepełnosprawnych KUL CAN, zapewniającego m.in. pomoc w dostępie do wykładów i ćwiczeń, adaptację materiałów dydaktycznych oraz specjalistyczne oprogramowanie. Do ich dyspozycji pozostaje Pełnomocnik Rektora ds. Studentów Niepełnosprawnych.