Władze Instytutu Jana Pawła II stanowią: Zarząd i Rada Naukowa. W skład Zarządu wchodzą: ks. dr hab. Marek Słomka, prof. KUL – od 1 X 2022 r. dyrektor Instytutu, dr Tomasz Górka – sekretarz, dr Kazimierz Krajewski – członek zarządu.

Prof. dr hab. Tadeusz Styczeń SDS - założyciel i przez blisko 25 lat dyrektor Instytutu, od 1 grudnia 2006 r. pozostawał jako jego Dyrektor Honorowy; zmarł 14 X 2010 r. W latach 2006-2014 funkcję dyrektora sprawował ks. dr hab. Alfred Marek Wierzbicki, natomiast w latach 2014-2022 funkcję tę pełniła dr hab. Agnieszka Lekka-Kowalik, prof. KUL.

Radę Naukową konstytuuje obecnie 27 profesorów, reprezentujących różne ośrodki naukowe w kraju - kard. prof. dr hab. Stanisław Nagy SCJ przewodniczył Radzie przez 25 lat od początku istnienia Instytutu, natomiast z początkiem 2007 r. pełnienie tej funkcji zostało powierzone prof. dr. hab. Andrzejowi Szostkowi MIC, pełnienie której zakończył 30 września 2020 r. Od 1 października 2020 r. przewodniczącym Rady jest o. prof. dr hab. Andrzej Derdziuk OFMCap.

ZARZĄD INSTYTUTU JANA PAWŁA II

Dyrektor ks. dr hab. Marek Słomka, prof. KUL

Sekretarz dr Tomasz Górka, tel. 81 445-32-17
Członek zarządu dr Kazimierz Krajewski