Kiedy powstawał Katolicki Uniwersytet Lubelski warunki pozwoliły na uruchomienie czterech wydziałów:

• Teologicznego,
• Prawa Kanonicznego i Nauk Moralnych (w 1923 r. przyjął nazwę Prawa Kanonicznego),
• Prawa i Nauk Społeczno-Ekonomicznych,
• Nauk Humanistycznych.

W ciągu prawie 100-letniej historii struktura Uniwersytetu zmieniała się kilkakrotnie. Zmianie ulegały nazwy niektórych wydziałów, w wyniku rozdziałów kompetencji oraz w związku z rozszerzaniem działalności Uczelni powstawały nowe.

Obecnie Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II posiada 7 wydziałów:

• Teologii,
• Prawa, Prawa Kanonicznego i Administracji,
• Filozofii,
• Nauk Humanistycznych,
• Nauk Społecznych,
• Nauk Przyrodniczych i Technicznych,
• Wydział Medyczny,

a także filię w Stalowej Woli, gdzie prowadzona jest działalność dydaktyczna.