Teologia moralna, jako dyscyplina uniwersytecka, pojawiła się w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim już u zarania istnienia tej Uczelni i początkowo była wykładana na Wydziale Prawa Kanonicznego i Nauk Moralnych. Stan ten uległ szybko zmianie, gdyż rok później utworzono w ramach Wydziału Teologii cztery nowe sekcje - w tym Sekcję Teologii Moralnej. Zajęcia na niej prowadził o. Jacek Woroniecki, a po jego wyjeździe do Rzymu w 1929 r. wykłady teologii moralnej powierzono ks. Janowi Dąbrowskiemu, którego od r. akad. 1934/35 wspierał powołany w charakterze asystenta ks. Zdzisław Goliński. Z powodu nagłej śmierci ks. Dąbrowskiego w 1937 r. ks. Z. Goliński objął całość wykładów na Sekcji Teologii Moralnej. Następnie na skutek licznych obowiązków (w 1947 roku został mianowany biskupem pomocniczym w Lublinie) zajęcia oddawał stopniowo ks. Władysławowi Krześniakowi oraz ks. Józefowi Kellerowi. Ostatecznie ks. Goliński zrezygnował z pracy w KULu w 1959 r., gdy został ordynariuszem częstochowskim. W 1946 r. została utworzona druga katedra. Od tej pory na Sekcji istnieje Katedra Teologii Moralnej Ogólnej i Katedra Teologii Moralnej Szczegółowej. Kierownikiem Katedry Teologii Moralnej Szczegółowej został ks. Keller, który dobrał sobie do współpracy w charakterze asystenta ks. Stanisława Witka.
Sprawa obsadzenia obu katedr wynikła ponownie w 1957 r. na skutek śmierci ks. dra W. Krześniaka oraz rezygnacji ks. prof. J. Kellera. Następcą ks. Krześniaka został ks. dr Władysław Poplatek, który w roku 1958 odbył kolokwium habilitacyjne na podstawie dorobku naukowego i rozprawy "Istota sumienia według Pisma Świętego". Od roku 1963 jako starszy asystent ks. Poplatka pracował ks. dr Seweryn Rosik. Ks. Kellera zastąpił ks. prof. Antoni Borowski, pracujący w KUL w latach 1957-1962, a więc do czasu przejścia na emeryturę. Wtedy kuratelę nad I Katedrą Teologii Moralnej Szczegółowej przejął po nim ks. Poplatek. W roku 1957 zlecono zajęcia ks. dr. Franciszkowi Greniukowi. Od roku 1957 podejmowane były starania o utworzenie II Katedry Teologii Moralnej Szczegółowej. Starania te uwieńczono sukcesem w r. 1959 kierownikiem tej katedry został b. doc. Stanisław Olejnik. Funkcję tę pełnił do roku 1961, a z końcem r. akad. 1966/67 ostatecznie zrezygnował z pracy w KUL-u. W roku 1968 stan osobowy Katedr wyglądał następująco: Kierownik Sekcji: ks. doc. dr hab. Władysław Poplatek, który pełnił jednocześnie funkcję kierownika Katedry Teologii Moralnej Ogó1nej (adiunkt - ks. dr Seweryn Rosik), i kuratora dwóch Katedr Teologii Moralnej Szczegółowej (przy pierwszej z nich zatrudnieni byli: ks. dr hab. Stanisław Witek - adiunkt; i ks. dr Franciszek Greniuk - asystent).
W 1970 r., po awansie na docenta, ks. Witek został kierownikiem I Katedry Teologii Moralnej Szczegółowej oraz przejął kuratelę nad przeniesioną z Sekcji Teologii Dogmatycznej Katedrą Teologii Ascetycznej i Mistycznej, która została przemianowana na Katedrę Teologii Życia Wewnętrznego. Oddał ją następnie pod kierownictwo w 1974 r. ks. dr. hab. Walerianowi Słomce, gdy ten otrzymał zatwierdzenie docentury. Katedra ta w r. akad. 1981/1982, staraniem ks. Słomki, przerodziła się w odrębną Sekcję Teologii Życia Wewnętrznego. W 1974 r. zatwierdzenie docentury otrzymał ks. Franciszek Greniuk, habilitowany w 1973 r. na podstawie rozprawy "Tomasz Młodzianowski - teolog moralista". Wtedy też dokonano transformacji II Katedry Teologii Moralnej Szczegółowej w Katedrę Historii Teologii Moralnej, której kierownikiem został ks. Greniuk.
W roku 1976, po przejściu ks. prof. dr. hab. Władysława Poplatka na emeryturę, Katedra Teologii Moralnej Ogólnej przeszła pod opiekę ks. doc. Witka, a w 1979 r. po zatwierdzeniu docentury przejął ją ks. Seweryn Rosik - habilitowany w 1976 r. na podstawie rozprawy: "Finalizm chrześcijański w świetle twórczości papieża Grzegorza Wielkiego". Ks. Rosik objął wtedy także kierownictwo nad Sekcją Teologii Moralnej i pełnił tę funkcję w latach 1979-1982. Wcześniej funkcję tę do roku 1976 sprawował ks. Władysław Poplatek, a w latach 1976-1979 i 1982-1985 ks. Stanisław Witek.
W roku 1979 przy Katedrze Historii Teologii Moralnej został zatrudniony w charakterze asystenta ks. mgr lic. Janusz Nagórny, który w roku następnym obronił doktorat. W roku 1985 przy katedrze Teologii Moralnej Szczegółowej zostali zatrudnieni dwaj absolwenci Akademii Alfonsjańskiej: ks. dr Stanisław Mojek i ks. dr Ireneusz Mroczkowski. W ramach rozwoju Sekcji w roku 1987 przy Katedrze Historii Teologii Moralnej zatrudniono ks. dra Józefa Wróbla SCJ, a w roku 1988 przy Katedrze Teologii Moralnej Ogólnej asystentem został ks. mgr lic. Bernard Jurczyk, który z pracy na Sekcji zrezygnował definitywnie w roku 1994.
Ten etap nie zakończył doboru nowych pracowników. W r. 1990 został zatrudniony przy Katedrze Historii Teologii Moralnej ks. dr Andrzej Franciszek Dziuba, który habilitował się na Wydziale Teologicznym KUL w 1989 r. na podstawie rozprawy pt. "Jan Azor - teolog moralista". W roku 1993 przy Katedrze Historii Teologii Moralnej został zatrudniony ks. dr Sławomir Nowosad, który w roku 1995 przeszedł do Katedry Teologii Moralnej Ogólnej. W roku 1994 przy Katedrze Historii Teologii Moralnej został zatrudniony o. dr Andrzej Derdziuk. Do Katedry Teologii Moralnej Szczegółowej w 1995 roku dołączyli: ks. dr Krzysztof Jeżyna, p. mgr lic. Katarzyna Nagacz (pracowała na KUL przez 2,5 roku), ks. mgr lic. Marian Pokrywka, ks. mgr lic. Zbigniew Wanat (pracował tylko przez rok), zaś w 1997 roku ks. dr Jerzy Gocko SDB. W 1998 roku zatrudniono przy tej samej katedrze ks. mgr lic. Piotra Kieniewicza MIC (doktorat w 2000; od 2000 przy Katedrze Teologii Życia), a w 2001 - ks. dra Tadeusza Zadykowicza.
W 1987 roku na skutek nagłej śmierci ks. prof. dra hab. Stanisława Witka opiekę nad Katedrą Teologii Moralnej Szczegółowej objął ks. Greniuk, który sprawował ją do roku 1990, a następnie powierzono ją b. Januszowi Nagórnemu po uzyskaniu przez niego habilitacji. Kolokwium habilitacyjne ks. dra J. Nagórnego miało miejsce 13 października 1989 r. na podstawie dorobku naukowego i rozprawy pt. "Teologiczna interpretacja moralności Nowego Przymierza". 30 kwietnia 1992 r. ks. Nagórny objął funkcję kierownika Sekcji. W roku 1994 habilitował się ks. dr Ireneusz Mroczkowski, który w 1997 r., po przejściu ks. prof. dr. hab. Seweryna Rosika na emeryturę, został kierownikiem Katedry Teologii Moralnej Ogólnej. W 1997 roku, po przejściu ks. prof. dr. hab. Franciszka Greniuka na emeryturę, Katedrę Historii Teologii Moralnej przejął ks. prof. dr hab. Andrzej Franciszek Dziuba. Katedrą tą kierował, będąc biskupem diecezjalnym w Łowiczu od 2004 r., do końca r. akad. 2003/2004.
Decyzją Senatu KUL z kwietnia 1999 r. Sekcja Teologii Moralnej została przemianowana na Instytut Teologii Moralnej. W tym czasie następują dalsze awanse pracowników Sekcji. 27 maja 1999 r. miało miejsce kolokwium habilitacyjne ks. dr. Józefa Wróbla na podstawie dorobku naukowego oraz rozprawy pt. "Człowiek i medycyna. Teologiczno-moralne podstawy ingerencji medycznych". Po zatwierdzeniu habilitacji przez CK (25.10.1999 r), na wniosek Instytutu, Senat KUL powołał Katedrę Teologii Życia, której kierownictwo powierzono ks. dr. hab. J. Wróblowi. W dniu 5 czerwca 2001 r. odbyło się kolokwium habilitacyjne o. dr. Andrzeja Derdziuka na podstawie dorobku naukowego oraz rozprawy pt. "Aretologia w podręcznikach moralistów kapucyńskich w okresie między Soborem Watykańskim I a Watykańskim II". Tego samego dnia miało miejsce kolokwium habilitacyjne ks. dr. Sławomira Nowosada na podstawie dorobku naukowego oraz rozprawy pt. "Odnowa anglikańskiej teologii moralnej w XX wieku". Obie habilitacje zostały zatwierdzone przez CK 26.11.2001 r. O. dr hab. Andrzej Derdziuk został kierownikiem Katedry Teologii Moralnej Ogólnej po rezygnacji z pracy w KUL ks. prof. I. Mroczkowskiego, zaś ks. S. Nowosad został kierownikiem nowo utworzonej Katedry Teologii Moralnej Ekumenicznej. W dniu 8 października 2002 r. odbyło się kolokwium habilitacyjne ks. dr. Krzysztofa Jeżyny na podstawie dorobku naukowego oraz rozprawy pt. "Moralne przesłanie nowej ewangelizacji. Wezwanie do odnowy Kościoła i świata". Wielkim wydarzeniem dla Instytutu było powołanie przez Ojca Świętego Jana Pawła II ks. dr. hab. Józefa Wróbla, kierownika Katedry Teologii Życia, na stolicę biskupią w Helsinkach (Finlandia). Święcenia biskupie ks. Wróbel przyjął z rąk kard. Edwarda Idrisa Cassidy w dniu 27 stycznia 2001 roku w Helsinkach.
W 2003 roku odbyło się kolokwium habilitacyjne ks. Jerzego Gocko SDB ("Kościół obecny w świecie"), zatwierdzone na początku roku 2004. W 2004 roku utworzona została nowa Katedra Teologii Moralnej Społecznej, którą powierzono ks. Gocce. Równocześnie, także z powodu niespodziewanej śmierci ks. dr. Stanisława Mojka, dokonano reorganizacji Instytutu.

Kolejne przekształcenia miały miejsce w 2014 i 2017 roku. Z dniem 1  października 2019 roku w związku z wejściem w życie przepisów Ustawy z dnia 20 lipca 2018 roku Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce Instytut został przekształcony w Sekcję Teologii Moralnej i włączony w strukturę nowo powstałego Instytutu Nauk Teologicznych KUL.

Teologowie moraliści z Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego są zaangażowani w prace Stowarzyszenia Teologów Moralistów, pełniąc - od początku jej istnienia - odpowiedzialne funkcje w zarządzie. Mądra polityka kadrowa na przestrzeni lat umożliwiła rozwój Instytutu zarówno co do ilości pracowników, jak i stopni oraz tytułów naukowych.